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藻類植物可以是從原始的光合細菌發展而來的。光合細菌具有細菌綠素，利用無機的硫化氫作為氫的供應者，產生了光系統。原始藻類植物，如藍藻類所具有的葉綠素a，很可能是由細菌綠素進化而來的。藍藻類利用廣泛存在的水為氫的供應者，具有光系統，通過光合作用產生了氧。隨著藍藻類的產生，光合細菌類逐漸退居次要地位，而放氧型的藍藻類則逐漸成為占優勢的種類，釋放出來的氧氣逐漸改變了大氣性質，使整個生物界朝著能量利用效率更高的喜氧生物方向發展。這個方向的進一步發展就產生了具有真核的紅藻類，同時，類囊體單條地組成為葉綠體，但集光色素基本上一樣，仍以藻膽蛋白為集光色素。藍藻和紅藻的集光色素，藻膽蛋白，需用大量能量和物質合成，是很不經濟的原始類型，所以只能發展到紅藻類，形成進化上的一個盲枝。 [3]

藻類植物的第二個發展方向是在海洋里產生含葉綠素a和葉綠素c的雜色藻類。葉綠素c代替了藻膽蛋白,進一步解決了更有效地利用光能的問題。在開始的時候，藻膽蛋白仍繼續存在，如在隱藻類，但進一步的進化，效率較低的藻膽蛋白沒有繼續存在的必要而逐漸被淘汰，所以在比隱藻類較為高級的種類，如在甲藻類、硅藻類，除葉綠素a以外，只有葉綠素c，而藻膽蛋白消失了。迄今，海洋仍為含有葉綠素c的種類，包括甲藻類、金藻類、黃藻類和硅藻類等浮游藻類和褐藻類的底棲藻類，占據優勢。但這個類群不能離開水體，仍是一個盲枝。 [3]

藻類

藻類植物的第三發展方向是在海洋較淺處產生綠色植物。它們除了葉綠素a以外，還產生了葉綠素b。據科學家估計，葉綠素a b系統比之葉綠素a 藻膽蛋白系統，光合作用效率高出了3倍，也高于葉綠素a c系統。這是藻類植物進化的主流。很可能十幾年前發現的原綠藻就是這類植物的祖先。原綠藻植物出現的時間可能與原核的雜色藻類（尚未發現）差不多，但由于某種原因，可能與當時的大氣光照條件有關，雜色藻類大量發展起來而原綠藻卻停留在原始狀態。后來，環境條件變為較為適合于葉綠素 b生物的生長，從原綠藻植物就產生了真核的綠藻類。它們不但已產生了葉綠體，而且已經有了比較其他藻類更加進步的光合器，即具有基粒的葉綠體。就是這類植物終于登陸，進一步演化為苔蘚植物、蕨類植物及種子植物。幾億年前地球大氣的含氧量已達到現在大氣的百分之十，形成了臭氧屏蔽層，阻擋了殺傷生物的紫外線，使陸地具備了生命生存的條件。登上陸地后，光合生物的進化速度大大加快，在大約5億年內就從原始的陸地植物發展到高等的種子植物。 [3]

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