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中國生物物種名錄2016版共收錄物種及種下單元86575個，其中物種76487個，種下單元10088個。收錄了以下生物類群（物種數，種下單元數）：

動物界：環節動物門（488，20）、節肢動物門（20247，1858）、腕足動物門（8，0）、苔蘚動物門（197，0）、刺胞動物門（1520，6）、棘皮 動物門（588，9）、螠蟲動物門（11，0）、內肛動物門（8，0）、半索動物門（7，0）、軟體動物門（2302，41）、粘體動物門（39，0）、 線蟲動物門（192，0）、紐形動物門（58，0）、帚蟲動物門（4，0）、多孔動物門（165，7）、星蟲動物門（43，1）、脊索動物門 （6164，1922）。其中，脊索動物門包括無頜綱（8，0）、兩棲綱（416，0）、鳥綱（1373，1791）、狹心綱（4，0）、哺乳綱 （563，115）、魚綱（3337，16）、爬行綱（463，0）。

細菌界：放線菌門（45，0）、擬桿菌門（30，0）、綠細菌門（1，0）、藍細菌門（158，5）、厚壁菌門（48，0）、變形菌門（181，1）。

色素界：硅藻門（1245，406）、卵菌門（264，24）、褐藻門（292，8）。

真菌界：子囊菌門（1753，103）、擔子菌門（1579，41）、壺菌門（12，0）。

植物界：被子植物門（30612，4923）、苔蘚植物門（2576，178）、綠藻門（199，18）、裸子植物門（246，78）、蕨類植物門（2401，201）、紅藻門（496，12）。

原生動物界：變形蟲門（359，15）、絲足蟲門（3，0）、領鞭毛蟲門（1，0）、纖毛門（497，1）、雙鞭毛蟲門（253，50）、滲養門（3，0）、放射蟲門（537，10）。

病毒：雙鏈DNA病毒（368，27）、雙鏈RNA病毒（35，26）、單股負鏈RNA病毒（51，12）、單股正鏈RNA病毒（131，56）、逆轉錄病毒DNA或RNA（5，0）、反轉錄病毒（25，9）、單鏈DNA病毒（36，20）、類病毒（4，0）。

與2015版比較，主要有以下變更：

動物界：首次收錄了節肢動物門蛛形綱中氣門目和前氣門目，分別新增55和1251個物種及種下單元。昆蟲綱下新增半翅目，新增566個物種及種下單元、553個同 物異名；新增同翅目，新增278個物種及種下單元、279個同物異名；鞘翅目新增668個物種及種下單元、325個同物異名；鱗翅目新增113個物種及種 下單元、45個同物異名。脊索動物門下兩棲綱新增6個物種及種下單元；爬行綱新增48個物種及種下單元。

色素界：卵菌門新增81個物種及種下單元、56個同物異名。

真菌界：首次收錄了壺菌門，新增12個物種及種下單元。

植物界：被子植物門新增201個物種及種下單元，裸子植物門新增1個物種及種下單元，蕨類植物門新增8個物種及種下單元。